لكن الاعتماد على النسق الجديد قد يسبب المتاعب لمن يعتمدون على ويندوز إكس بي Windows XP أو أنظمة التشغيل الأقدم منه، لأن تلك الأنظمة مخصصة للتعامل مع أقراص صلبة منسقة بسعة 512 بايت للقطاع الواحد. ولا يمكن لأنظمة التشغيل القديمة مثل إكس بي التأقلم تلقائيا مع الأقراص التي تعتمد على النسق الجديد (4 كيلوبايت للقطاع)، ولذلك توفر بعض شركات تصنيع الأقراص الصلبة برامجا لتكون وسيطا بين نظام التشغيل والقرص الصلب في عملية القراءة والكتابة، مثل برنامج Advanced Format Align Utility من ويسترن ديجيتال. كثير من برامج النسخ الاحتياطي حاليا لا تدعم النسق 4 كيلوبايت لذا لابد من الاعتماد على برامج وسيطة لتنفيذ عملية النسخ.

تشكل هذه البرامج الوسيطة حلا إلا أنها تؤثر سلبيا على الأداء بشكل كبير جدا، مما سيدفع المستخدمين إلى التفكير في هجر ويندوز إكس بي أو أي أنظمة تشغيل لا تدعم النسق الجديد للأقراص الصلبة.

تدعم أنظمة التشغيل ويندوز 7 وفيستا وماكنتوش OS X تايغر وليبارد وسنو ليبارد النسق الجديد للأقراص الصلبة، كما تشير تقارير إلى أن الإصدارات الجديدة من لينوكس ستأخذ النسق الجديد بعين الاعتبار.